孵化器的认定遵循自愿申请原则。申请认定区级孵化器，应具备下列条件：
(一)以孵化与培育处于初创阶段的科技型小微企业及转化高新技术成果为宗旨，在开发区注册的具有独立法人资格的经营实体;
(二)孵化器拥有职业化的服务队伍，专业孵化服务人员(指具有创业、投融资、企业管理等经验或经过创业服务相关培训的孵化器专职工作人员)占机构总人数 80% 以上;
(三)具有较为完善的培育孵化企业的管理制度和服务功能，有明确的企业入孵条件、毕业标准和退出机制，可为科技创业人员和在孵企业提供商务、信息、咨询、培训、市场、投融资、技术开发与合作交流等服务，实际运营时间6个月以上;
(四)可自主支配的孵化场地面积在2000平方米以上(专业孵化器在1000平方米以上)，在孵企业使用的场地面积(含公共服务场地)占70%以上，在孵企业数15家以上(专业孵化器8家以上);大企业自建孵化器根据入驻企业情况，在孵企业数至少3家(含)以上;
(五)孵化器中的在孵企业应有20%以上申请知识产权;
(六)孵化器拥有种子资金或孵化资金，或与金融机构以及创投机构、担保公司等建立密切联系，扶持在孵企业的发展;
(七)专业孵化器应有明确的专业发展方向，并建有专业技术服务平台，拥有专业化的技术咨询能力和管理能力。
在孵企业应具备的条件：
(一)企业注册地和主要研发、办公场所须在所属孵化器场地内;
(二)申请进入孵化器的企业，成立时间一般不超过24个月;
(三)属迁入的企业，其产品(或服务)尚处于研发或试销阶段，上年营业收入不超过300万元人民币;
(四)在孵时限一般不超过48个月(纳入“创新人才推进计划”及“海外高层次人才引进计划”的人才或从事生物、集成电路设计、现代农业等特殊领域的创业企业，一般不超过60个月);
(五)在孵企业从事研发、生产的主营项目(产品)，应符合国家及省市产业发展方向和政策，并符合国家环保要求和节能减排标准;
(六)在孵企业开发的项目(产品)，知识产权界定清晰，无纠纷。
毕业企业需具备以下条件中至少一条：
(一)认定为高新技术企业、技术先进型服务企业、软件企业;
(二)经营状况良好，连续2年营收累计超过500万元;
(三)被兼并、收购或在国内外资本市场上市。
区级孵化器的认定，实行常年受理申报、分批认定的方法。申报区级孵化器的基本程序：
由区科技局发布申报通知，运营主体向区科技局提交申报材料，区科技局对申报材料进行审查，初审合格后报管委会进行审批，并在网上公示无异议后，以文件的形式认定为合肥经济技术开发区科技企业孵化器。
申请区级孵化器认定须报送的材料：
(一)区级孵化器认定申报书;
(二)法人代码证书或营业执照(副本复印件);
(三)法定代表人个人材料(身份证或有效护照，证书，职称证书，法人代表证书等);
(四)孵化场地证明材料(采取租赁、合作等方式形成的企业孵化场地，需提供产权方产权证明和相关协议文件);
(五)孵化器各类管理制度及上年度报表;
(六)在孵企业、毕业企业名录及证明材料;
(七)企业孵化资金证明材料和上年度使用说明;
(八)近两年成功孵化案例介绍(1-2个);
(九)其他证明材料。
孵化器的管理:
1.区科技局对全区孵化器实行年度统计、绩效评估和动态管理，并依据政策对经认定的孵化器及入驻企业给予支持。
2.各类孵化器要建立创业培训、咨询和辅导的预孵化制度，坚持“创业导师+专业孵化+创业投资”的孵化模式，探索和推动持股孵化及市场化运行机制。
3.孵化器应完善对在孵企业的问诊、巡访和毕业企业跟踪制度，延伸服务范围;建立金融担保贷款机制，与银行、投资机构合作，创新面向科技创业企业的金融产品，拓展孵化功能，促进企业的加速成长。
4.孵化器毕业企业或到期尚未毕业企业，应在规定期限内办理迁出孵化器的有关法律和约定手续。
5.区科技局每年对孵化器进行绩效评估。对连续两年考核不合格的，取消其区级孵化器称号。
