2021年合肥巢湖高新技术企业申报程序和材料如下：
高新技术企业申报程序：
1、企业自我评价。企业应对照《认定办法》第十条的规定进行自我评价，认为符合条件的，按照本通知要求进行申报；
2、网上注册、申报。企业登录“高新技术企业认定管理工作网” （www.innocom.gov.cn），进行注册登记，并按要求在网上填写申报材料；
3、税务审核。企业将申报材料报征收企业所得税的主管税务部门审核，由主管税务部门在企业基本信息表上盖章；
4、地方初审。安徽省各市科技局（含广德县、宿松县，下同）会同财政局、国税局、地税局对辖区内企业申报材料进行初审，并形成初审意见；
5、报送材料。各市认定工作机构须正式行文上报材料。上报文件和高新技术企业申报推荐汇总表须加盖科技局、财政局、国税局、地税局公章，连同辖区内企业申报材料（一式两份），由各市科技局在材料报送截止时间前，统一报送至省政务中心科技厅窗口。“高新技术企业认定管理工作网”常年接受申请，各市集中审核和推荐，安徽省高新技术企业认定办公室每年分两批组织评审和报送备案。
高新技术企业申报材料：
1、 高新技术企业认定申请书；
2、 企业营业执照副本、税务登记证复印件；
3、知识产权证书独占许可合同、生产批文，新产品或新技术证明查新材料、产品质量检验报告、省以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料；
4、企业职工人数、结构以及研发人员占企业职工的比例说明；
5、经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用专项审计报告及高新技术产品（或服务）占比专项审计报告，情况表实际年限不足三年的按实际经营年限，并附研究开发活动说明材料；
6、经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的报表含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限以及技术性收入的情况表。
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