利用以下十五个成本因素变量，提供可供选择的设计方案动态数据库，对基本的洁净室设计和标准进行改进，尽量满足工厂的需求，通过这些方法我们应能够减少项目的工程费用。ATI的建筑师和工程师应用这些方法成功地为生物制药学、微电子学和食品加工行业的洁净室进行设计，并实施了施工工程。
1. 换气次数。花费因素变量：-0。08至0。19
洁净室内的空气分配设备(通常是吊顶过滤器)被设计成“喷淋式”，用来提供统一的、洁净的已过滤的空气。向房间补给的空气量，让人想起与普通的淋浴喷头相反的消防龙头。美国联邦标准209E、日本标准JIS B9920和ISO 标准14644-1的标题是：洁净室外和相关控制环境——第一部分：清洁空气的分级。这些标准提供了洁净室参数、分级和检测方法的指导方针，但并未说明如何经济有效地达到要求。这是因为每种生产过程和洁净室外的要求是不同的，因此，可以采用不同的再循环空气量，达到预期的环境要求。
至少有五种不同的“可能”设计能够达到预期的结果，然而只有一种设计是最佳方案。为项目寻找最佳和最经济的解决方案，是洁净室外换气项目的最基本的目标理念。
如表1所示，换气次数和再循环数量变化对于确定房间的级别是十分重要的。例如，通过300次的换气次数能够达到M2级洁净室的要求，但也可能540次的换气次数仍不能满足要求。
房间内污染物的比率和实际微粒产生情况，是影响洁净室空气换气次数的主要因素。在生产过程中，不对其他因素产生任何影响的情况下，清除微粒的速度是非常重要的。其他可能影响再循环空气数量的因素是：房间的结构、设备的位置、设备表面温度、空气对流、气流类型(单向通过敏感区或者通过全空间)、操作空间和规章、使用的材料和化学药品等。
洁净室可能需要在静态下进行鉴定，在工况下进行鉴定，对生产过程进行确认或者cGMP认证。由综合服务管理部制定的联邦标准209(e)，建议100或90fpm。然而有可能建立一个空气流动速度较低，但比100级洁净度更高的洁净室。实际上，已经有洁净室的空气流动速度是45cfm/平方英尺。
2. 单向的、紊流的、垂直或水平气流
花费因素变量：-0.073至0.18
在许多案例中，单向气流只在小空间和洁净室的敏感区域内使用，并且使用微环境。污染物的源头可能存在于手套箱、过滤模块等地方。多数设计为整体单向气流洁净室外的方案，只有在这些区域中没有作业者、生产设备和排风装置时才能实现单向气流。垂直或水平气流的选择，取决于房间的结构和设备的安放位置，紊流就可以将污染物带走。
洁净室内的架空地板是用来掩盖工具、设备与动力设备之间的电线、通讯电缆、水电、管道的连接的。后来，为了节约成本，在“bay-and-chase”式的洁净室结构中，这些架空地板被当作从港湾到夹层的回内通道。在完全单向气流的洁净室内，人们希望微粒从工作区域流到带小孔的地板下。我们已经成功的建立了10级和100级的洁净室，在这些洁净室内没有架空地板，采用墙下部回风系统，而且洁净室的气流被设计成紊流。
另个一种办法是用薄的空气喷射装置隔离超清洁区域，这种空气喷射的速度是每分钟500到800英尺。它的功能类似于塑料门帘。
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