医用污水处理的原则是：分质分流，局部分隔治理，把污染就近消灭在污染源。主要处理方法为沉淀与消毒。目前，我国常用的消毒剂为yelv，近年来，为了提高消毒效率及不产生二次污染多趋向采用臭氧化法消毒，消毒处理后均可达到排放标准。处理过程中产生的污泥常采用石灰消毒法及高温堆肥法进行处理。
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医用污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。
1.1工艺选择原则为：
A、传染病医用污水处理必须采用二级处理，并需进行预消毒处理
B、处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。
C、处理出水排入城市下水道(下游设有二级污水处理厂)的综合医院推荐采用二级处理，对采用一级处理工艺的必须加强处理效果。
D、对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的一级处理。
1.2一级强化处理
对于综合医院(不带传染病房)污水处理可采用“预处理→一级强化处理→消毒"的工艺。通过混凝沉淀(过滤)去除携带病毒、病菌的颗粒物，提高消毒效果并降低消毒剂的用量，从而避免消毒剂用量过大对环境产生的不良影响。
医用污水处理的一级强化处理一般采用混凝沉淀、过滤、气浮等工艺。过滤的固液分离方式需要反冲，操作管理较为复杂，而气浮工艺中气体释放易导致二次污染。所以医用污水中一般采用混凝沉淀工艺。
医用污水经化粪池进入调节池，调节池前部设置自动格栅，调节池内设提升水泵。污水经提升后进入混凝沉淀池进行混凝沉淀，沉淀池出水进入接触池进行消毒，接触池出水达标排放。
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