植物根系分析系统是由托普云农研发生产的，该仪器可以按成方式不同，能够分为对原位根系图像的分析仪，以及对洗根后的根系图像恩熙仪。一般都有要求可分根系的长度、直径、面积、体积、根尖数、分叉数、根交叉数等。专业些的植物根系分析系统，还可分析植物根系的主侧根拓扑形态关系、连接关系，以及根尖部位的色彩变化，以便进行根系形态和构造研究。最新的植物根系分析系统应具备大批量图像的全自动分析特性，用户可对自动分析结果进行局部的交互编辑修正，以确保数据的科学性。
植物根系分析系统能进行根系的颜色分析，确定出根系存活数量，输出不同颜色根系的直径、长度、投影面积、表面积、体积；能进行根系的拓扑分析，自动确定根的连接数、关系角等，可单独自动分析主根或任意一支侧根的长度和分叉数等；自动分析根系分级伸展的等级分布情况，可达到5级侧根的自动分析；可单独显示标记根系的任意直径段相应各参数（分档数、档直径范围任意可改）；能用盒维数法自动测根系分形维数。
植物根系分析系统可人工辅助修正：图像可放大缩小和局部观察，可实现鼠标区域选择统计、对污染区的辅助裁剪或橡皮擦修正。统计效果监视：监视和修正植物对象分析的精度。自动杂质剔除：根据尺寸等方面的区别，进行自动杂质剔除。辅助测量功能：可数据导出：分析图像、分布图、结果数据可保存，分析结果输出至Excel表，可输出分析标记图；尺寸标定：自带标定功能，实现半自动的尺寸标定，XY向可分别标定修正；长度测量：具有跟随放大镜功能，通过鼠标拖动精确测量。
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