实质审查的内容
在实质审查阶段，审查员遵循以下原则进行审查：请求原则，申请人只有提出实质审查的请求之后，实质审查程序才会启动，并且审查员会根据申请人依法正式呈请审查的申请文件进行审查；听证原则，审查员在作出驳回决定之前，申请人至少会有一次针对驳回所依据的事实、理由和证据陈述意见和/或修改申请文件的机会；程序节约原则，审查员在不违反请求原则和听证原则的前提下，会尽可能地缩短审查过程，设法尽早结案。
审查员在对申请文件进行审查时，需要判断申请文件是否存在专利法及实施细则所不允许的缺陷，这些缺陷通常包括实质缺陷和形式缺陷。
（一）实质缺陷
专利申请保护的客体必须是专利法意义上的发明，即对产品、方法或者其改进所提出的新的技术方案。发明创造的公开、使用、制造不能违反法律、社会公德或者妨害公共利益。专利申请保护的主题不能是专利法第二十五条规定的不授予专利的客体，即：科学发现、智力活动的规则和方法、疾病的诊断和治疗方法、动物和植物品种、用原子核变换方法获得的物质。
授予专利权的发明，必须具备新颖性、创造性和实用性；说明书应当对发明作出清楚、完整的说明，以所属技术领域的技术人员能够实现为准；权利要求书应当以说明书为依据，清楚、简要地限定要求专利保护的范围；独立权利要求应当从整体上反映发明的技术方案，记载解决技术问题的必要技术特征；申请人对发明专利申请文件的修改不得超出原说明书和权利要求书记载的范围；一件发明专利申请应当限于一项发明或者实用新型等。
（二）形式缺陷
专利申请文件属于法律文件，应当具备严谨性，权利要求书、说明书、说明书附图、摘要及摘要附图的撰写应当符合专利法实施细则第十七条至第二十三条的规定。
审查员通过对实质缺陷和形式缺陷的审查，确保授权专利在实质内容和撰写形式上均符合专利法及实施细则的规定。
实质审查的程序
审查员的实质审查工作是严格依照审查程序，客观、公正、准确、及时进行的。实质审查的基本流程如上图所示。
（一）确定首次审查文本
审查员在进行实质审查前，首先要确定审查文本，首次审查文本包括：（1）申请日提交的原始申请文件；（2）应初审部门要求的补正文件；（3）申请人在提出实质审查请求时，或者在收到专利局发出的发明专利申请进入实质审查阶段通知书之日起的三个月内提交的修改文件（即符合专利法实施细则第五十一条第一款规定时机的主动修改文本）；（4）虽然不符合专利法实施细则第五十一条第一款的规定，但是有利于节约审查程序的修改文件。
（二）阅读文件，理解发明
审查员在开始实质审查后，首先会仔细阅读申请文件，准确理解发明。其重点在于了解发明所要解决的技术问题，理解解决所述技术问题的技术方案，明确该技术方案的全部必要技术特征，特别是其中区别于背景技术的特征，以及了解该技术方案所能带来的技术效果。同时，确定专利申请的主题是否需要进一步检索。如果专利申请的全部主题明显不属于新的技术方案、属于不授予专利权的客体、不具备实用性、说明书和权利要求书未对专利申请的主题作出清楚完整说明以致所属技术领域技术人员不能实现、或明显缺乏单一性以致难以检索等，审查员可以不进行检索，直接发出审查意见通知书。否则需要对专利申请进行检索。
（三）检索
每一件发明专利申请在被授予专利权前都会进行检索。检索是实质审查程序中至关重要的一步，其目的在于找出与申请的主题密切相关的现有技术中的对比文件，或者找出抵触申请文件和防止重复授权的文件，以确定申请的主题是否具备专利法第二十二条第二款和第三款规定的新颖性和创造性，或者是否符合专利法第九条第一款的规定。
目前，审查员常用的检索资源为专利检索和服务系统以及国内外科技图书、期刊、索引工具及手册等非专利检索资源。专利检索和服务系统包括13个摘要数据库、8个全文数据库、14个分类表数据库、4个词库数据库和期刊全文数据库。检索过程主要包括：确定检索的技术领域，专利文献可用分类号来表示技术领域；分析权利要求、确定检索要素；建立检索策略；浏览并筛选相关文献；填写检索报告。
（四）检索后的审查
1.第一次审查意见通知书
检索之后，审查员开始对申请文件进行实质审查。如果发现文件存在缺陷，则发出第一次审查意见通知书，要求申请人在指定的期限内陈述意见和/或对申请文件进行修改。在第一次审查意见通知书中，审查员会尽可能全面审查，指出申请文件存在的全部缺陷。
2.答复
申请人收到第一次审查意见通知书后，应在通知书指定的期限内答复（第一次审查意见通知书的答复期限为4个月，中间通知书的答复期限为2个月），答复方式可以是意见陈述和/或修改申请文件，且答复应当是提交给专利局的正式答复。直接寄交、通过E-mail提交或面交给审查员的答复不是正式答复，答复应具有申请人（不能是发明人）或代理人以及代理机构的签署。
申请人对申请文件的修改应当针对通知书指出的缺陷进行（即符合专利法实施细则第五十一条第三款的规定）。如果申请人主动删除、改变独立权利要求的技术特征，主动将仅在说明书中记载的与原要求保护的主题缺乏单一性的技术内容作为修改后权利要求的主题，主动增加新的独立权利要求或主动增加新的从属权利要求，则不可采用上述修改方式。
3.继续审查
审查员收到申请人的答复后，首先会确定继续审查文本。如果申请人仅提交了意见陈述书，则审查文本为前次审查所针对的文本；如果申请人提交了修改文件，审查员会判断修改文件是否针对通知书指出的缺陷进行。如果符合，则以修改文本为继续审查文本，否则会发出审查意见通知书，说明修改文本不予接受的理由，同时会要求申请人在指定期限内提交符合规定的修改文本。
审查员会对修改文本进行以下方面的审查：修改文本是否超范围，陈述的意见是否可以接受，修改文本是否克服了第一次审查意见通知书指出的缺陷，是否仍存在其他缺陷，必要时会进行补充检索。
如果需要继续与申请人交流，例如检索到新证据、发现新问题等，审查员会发出再次审查意见通知书。再次审查意见通知书包括表格和正文，正文部分包括起始部分、中间评述部分和结论部分，在中间评述部分还包括对申请人答复意见的回应。
继续审查过程中，审查员还可能采用辅助审查手段，如会晤、电话讨论以及现场调查。上述辅助审查手段在第一次审查意见通知书后才能使用，并且申请人之后仍需要提交书面的答复或修改文本。
4.结案
结案方式主要包括三种，即授权、驳回和视为撤回。
经过实质审查，如果发明专利申请符合专利法规定的授权条件，则审查员发出表格形式的授权通知书，对该申请进行授权。如果申请人未在通知书指定的期限内答复，则该申请被视为撤回。如果申请文件仍然存在可驳回缺陷，且已满足听证原则，审查员会发出驳回决定。
专利申请因不可抗拒的事由或正当理由耽误法定期限或者指定期限而被视为撤回而导致程序终止的，申请人可以向专利局请求恢复被终止的实质审查程序，权利被恢复的，专利局会恢复实质审查程序。
