1、知识产权储备
知识产权是高企申报的重头戏，其在企业创新能力评分中的分值为30分。随着江苏省知产授权日益趋严，目前实用新型专利平均授权周期为8个月左右，发明专利授权周期最久，约为3年左右。
有一些企业急于申报高企但知识产权数量不够，通常会选择申报软著、集成电路图设计等，因为这类专利和著作权授权时间短，只要40个工作日左右。但这样为申报高企而申请的专利，其知识产权与企业主营业务的关联性往往不强，甚至完全不搭边，这会直接影响企业知识产权评分，造成“看似有专利，实际不得分“，情节严重的还会被列入高企认定黑名单，影响今后几年的申请工作。
对于知识产权储备，还是要提前布局，按照企业研发方向与业务构成，结合需要授权的时间点预估，合理规划申请的类别、时间与内容，持续进行，才能有备无患。
2、科技成果与产品关联性低
科技成果转化在企业创新能力评分中的分值为30分，其是连接企业知识产权与产品的纽带环节，也占有很高的考量比重。
企业需要注意的是在保证科技成果量的基础上，也要确保成果与产品之间的关联与有效的转化，技术专家对企业科技成果转化的总体情况进行综合评价并打分时，会综合考虑这两点，这是获得高分的重点。
随着江苏省高新技术产品认定于2018年取消，科技成果转化的论证更多的是靠企业自己提供各类佐证材料。这些材料能否很好地向评委展示“技术成果是什么，如何转化，应用在哪个产品中，应用效果如何、技术水平怎样？“等关键问题，将决定企业在此环节的得分，因证明不严谨、逻辑不自洽造成高企认定失败的案例也比比皆是。
对于科技成果，企业切不可“强行转化”，应当在保证知识产权和项目、产品的匹配性，科技成果与产品的关联性的基础上，通过自我举证、第三方佐证等方式，尽可能收集完整的论证材料，而且所需的查新证明、检测报告、用户报告等资料，必须早作准备。
3、管理制度问题
研发管理制度在企业创新能力评分中的分值为20分，不少企业认为这是“稳得的分数“，但若不加重视，仍有可能造成大量失分。
不少新成立的公司为了节省费用，未给核心创业人员甚至初创团队的员工缴纳社保导致不满足申报高企条件，或在财务管理方面相对松散，公司账目混乱。在后补充材料中常常容易出现制度写明了有具体金额的奖励激励，但没有发奖金、汇款或现金签收的凭证等前后不一致的现象，使审核专家对其各项管理制度存疑，导致扣分。
对于管理制度，切忌套用模版，直接搬抄，而应核实企业实际情况，不能出现明显的逻辑错误。而在实际执行中，也应当遵循制度规定，不能让其成为虚设，2019年起高企认定增加了现场核查环节，如果“写一套做一套“，是很容易被核查小组直接否掉的。
4、申报资料编写缺乏经验
对于中小型企业和初次申报的企业来说，由于对具体政策和申报过程了解的不够透彻，编写申报材料经验不足。比如：
研发人员不清楚研发项目怎么归集；
财务人员未设置研发支出辅助账，数据前后不一致；
企业审计报表与纳税申报表不一致未做说明；
相关产品描述不清，科技成果佐证材料过于简单；
以及等等，这些问题都会直接影响申报结果。
